1、遗传因素：染色体异常是卵巢早衰最主要的病因之一，最常见的是X染色体异常。卵巢早衰遗传物质异常不仅发生在染色体水平，还可源于单基因异常、线粒体DNA异常。

2、医源性因素：放化疗以及盆腔手术会导致卵巢早衰发生率增加，盆腔放疗发生卵巢早衰几率相对较高，主要取决于放疗的范围，同时患者年龄及放疗剂量也是重要风险因素。化疗药物对卵巢的损害与患者年龄、化疗药物种类、剂量、用药长短相关。

3、自身免疫因素：约30%的卵巢早衰与卵巢自身免疫性损害有关，因此认为卵巢早衰是一种自身免疫性疾病累及卵巢后的表现。

4、环境因素：吸烟或者被动吸烟的女性绝经年龄较非吸烟人群提前1~2年，病毒感染也可导致卵巢早衰发生。