卵巢发育不良一般通过促进排卵药物、生长激素、雌孕激素替代疗法等方法来治疗。1、促进排卵药物：性腺正常、卵泡发育不良的患者可以使用促排卵药物，这类药物的作用是促进卵泡发育，直到卵泡成熟、排卵为止。2、生长激素治疗：在确诊后要尽早进行生长激素治疗，达到理想的身高，主要是为了改善成年后的身高。在骨骺完全闭合的情况下是不能使用。3、雌孕激素替代治疗：雌孕激素替代治疗的主要作用是诱导、维持女性第二性征的发展，同时也能促进女性子宫的发育，增加女性的生育能力。

干细胞治疗是近些年新兴的卵巢早衰治疗手段，干细胞具有“归巢”属性，通过将高数量和质量的干细胞直接移植到患者卵巢，利用干细胞的自我复制和分化潜能来修复受损的细胞，恢复受损器官、组织的正常功能。病理组织切片上可以观察到，卵巢各级卵泡数在明显增加，颗粒细胞生长，抗颗粒细胞凋亡，内分泌功能明显得到改善，甚至恢复受孕等。