干细胞免疫治疗有许多优点。首先，它是一种自体治疗方式，不需要使用外来细胞或药物，从而避免了副作用和排斥反应。其次，它可以通过诱导产生针对不同疾病的特异性免疫细胞来治疗多种疾病，而不是像传统疗法那样针对一种疾病进行治疗。此外，它还可以用于治疗已经产生抗药性的癌症患者，或者用于治疗已经复发或转移的疾病。

因为干细胞是一种未分化、未成熟的细胞，其细胞表面的抗原表达很微弱，患者自身的免疫系统对这种未分化细胞的识别能力很低，从而避免了器官移植引起的免疫排斥反应及过敏反应等，使同种异体移植干细胞变得非常安全。