干细胞作为一种新的治疗卵巢早衰的方法，副作用还是少见的。干细胞不仅对免疫损伤型卵巢早衰有一定的修复作用，而且对化学性损伤的卵巢早衰有一定的修复作用。注入卵巢的干细胞主要分布在卵巢间质区，少量分布在卵巢泡细胞区。也就是说，干细胞可以改善卵巢内分泌功能，并长期存在于卵巢组织中。一方面干细胞分泌的细胞因子可以抑制卵巢细胞的凋亡，促进激素细胞的分泌;另一方面，一些干细胞可以分化为卵巢细胞，替代受损的细胞，促进组织修复。