在北京，阴茎短小的检查通常包括以下几种方法：

阴茎长度测量：这是评估阴茎大小的基本方法。医生会通过测量从耻骨联合前到阴茎头顶端的距离来确定阴茎的长度。对于隐匿性阴茎，医生会向阴茎根部推挤开脂肪进行测量。

体格检查：医生会对患者的外生殖器进行详细的检查，观察阴茎的大小、形态，以及是否存在其他异常，如睾丸异位、隐睾等。

激素水平检查：通过血液检查，医生可以了解患者的性激素水平，特别是雄激素的水平。这有助于判断是否存在由于激素分泌不足导致的阴茎短小。

影像学检查：例如下丘脑和垂体的CT或磁共振成像检查，这些检查有助于判断是否存在器质性病变，如下丘脑和垂体的畸形或肿瘤等。

特殊检查：如人绒毛膜促性腺激素刺激实验和促性腺激素释放激素刺激实验，这些实验可以进一步了解睾丸的功能和脑垂体前叶的功能。