卵巢早衰一般可以治疗，通常可以适当的补充雌激素，有助于缓解绝经后妇女的症状，而在早期的时候应用雌激素，能够预防绝经后骨质疏松和心血管疾病，甚至能够帮助预防老年痴呆的情况，而常见的药物包括苯甲酸雌二醇、戊酸雌二醇等。同时还可以选择使用孕激素进行治疗，能够避免子宫内膜过度增生，防止骨矿物质过度流失的症状，而常见的药物包括地屈孕酮以及黄体酮等。

干细胞可以生成新细胞，为卵巢功能早衰提供再生治疗方法。干细胞微注射活化是通过体外培养具有血管再生、活性组织修复的脐带间充质干细胞，采用微注射种植技术，将活性细胞靶向种植在女性卵巢上。干细胞会达到受损组织和器官，滋养和修复病变卵巢细胞，恢复雌激素分泌水平，以达到修复的目的。