首先，先天性发育异常是主要原因之一。在胎儿发育过程中，如果受到不良因素的影响，如药物、化学物质或感染等，可能会干扰生殖器的正常发育，进而导致出生后阴茎长度不足。

其次，遗传因素也起着重要作用。如果家族中有阴茎短小的历史，个体出现类似情况的风险会相对较高。这主要是由于遗传基因对生殖器发育的影响。

此外，肥胖也可能导致阴茎短小。由于腹部脂肪堆积较多，阴茎可能会被遮挡而显得较短。但这并非真正的阴茎短小，而是脂肪组织的视觉影响。

另外，一些疾病和手术也可能影响阴茎的长度。例如，患有某些疾病或接受过相关手术治疗的患者，在治疗过程中可能会损伤到生殖器组织，进而影响其功能及外观形态。