1.阴茎长度测量：这是确定阴茎是否短小的直接方法。测量时，医生会尽量拉直阴茎，使其长度相当于充分勃起时的长度，然后用测量尺测量从耻骨联合前到阴茎头顶端的距离。

2.体格检查：包括外生殖器的检查，观察生殖器的发育情况、畸形、尿道下裂、阴囊情况等。此外，还会检查精索和直肠，以评估前列腺和精囊的状况。

3.遗传学检查：如果患者存在输精管梗阻等问题，可能需要进行基因检测，以判断是否存在基因的异常。

4.性腺激素检查：通过测定血液中各类性激素的水平，判断是否存在雄激素分泌不足等内分泌问题，这有助于进一步明确病因。

5.影像学检查：如下丘脑和垂体的CT或磁共振成像检查，有助于明确脑部是否存在下丘脑和垂体的畸形或肿瘤等疾病。