首先，阴茎短小的治疗方法包括药物治疗、手术治疗等。药物治疗通常费用较低，但效果可能因人而异，且需要长期坚持。手术治疗则相对费用较高，但效果可能更为显著。具体选择哪种治疗方法，需要根据患者的具体情况和医生的建议来确定。

其次，不同医院之间的收费标准也存在差异。在北京地区，大型公立医院的收费通常较为透明和合理，而私立医院或某些专科医院的收费可能相对较高。因此，选择医院时，患者也需要考虑费用因素。

此外，患者的个体差异也会对治疗费用产生影响。例如，病情的严重程度、治疗的周期长短等都会直接影响到治疗费用。