预防阴茎短小可以从以下几个方面着手：

保持营养均衡的饮食：确保摄入足够的维生素、矿物质和蛋白质等必要营养素，以支持生殖系统的健康发育。

进行适度的体育锻炼：体育锻炼有助于促进血液循环及雄性激素分泌，对生殖系统功能有正面影响。建议进行如游泳、跑步等有氧运动，但不宜过度劳累以免损伤身体。

维持良好的生活习惯：避免熬夜、吸烟、饮酒等不良习惯，保证充足的睡眠时间。这些都有助于提高机体免疫力，减少疾病的发生，从而间接影响生殖器官的发育。

避免长时间处于高温环境：精子对温度的要求比较严格，必须在低于体温的条件下才能正常发育。因此，要避免长时间骑车、久坐不动、穿紧身牛仔裤等行为，也要避免过热的热水澡或桑拿浴等。

注意补充微量元素：锌等微量元素对男性生育至关重要，参与精子的生成、成熟和获能，因此要注意合理补充。