1.体格检查：医生会通过观察外生殖器和其他身体部位的发育情况来初步评估阴茎是否短小。这个过程包括全面的身体检查，触摸和观察外生殖器以了解整体情况。

2.阴茎长度测量：这是为了量化阴茎的长度，确定是否存在异常。测量通常在安静状态下进行，可以在直立或仰卧位下使用尺子或其他工具进行。

3.阴茎海绵体超声：通过超声波扫描，医生可以观察到阴茎的内部结构，帮助诊断潜在问题。患者需要在检查床上平躺，涂抹耦合剂后进行超声波探查。

4.激素水平测定：这个检查可以检测体内雄性激素等关键激素的水平，以判断阴茎生长受阻的原因。这通常涉及抽血化验，在医院实验室中完成。

5.染色体分析：这个检查可以排除遗传因素导致的阴茎短小可能性，需要采集血液样本并送至检验室进行分析。