在北京治疗阴茎短小的费用因多种因素而异，如治疗难度、医疗机构的级别以及个人具体情况等。如果是在普通的医疗机构接受治疗，费用可能会相对较低。而在高级别的医疗机构，由于设备更先进、医生经验更丰富，费用可能会偏高。