视神经萎缩的治疗是一个复杂而困难的过程。目前，尚未有特效疗法能够完全治愈该病，但通过积极的治疗，多数患者能够缓解症状，使视力得到一定程度的恢复。

治疗方法主要包括药物治疗、针灸治疗、手术治疗以及干细胞治疗等。药物治疗如使用神经营养药物、血管扩张药物等，针灸治疗则针对眼部及全身穴位进行调节，手术治疗则针对具体病因如脑垂体肿瘤压迫视神经等进行。干细胞治疗是一种新型治疗方法，干细胞具有诱导分化成视网膜各类细胞的潜能，可能替代已变性的细胞;其分泌的细胞因为周围细胞提供营养，并上调抗凋亡基因，延缓视网膜凋亡。同时干细胞能够保护视网膜血管及促进神经突触行程。移植的干细胞较视网膜组织具有更好的可塑性及移行能力，有助于损伤视网膜的修复。保存或者恢复视力是干细胞治疗期望达到的效果。