1.阴茎小于正常长度：患者的阴茎长度一般小于阴茎正常平均长度的2.5个标准差以上，与年龄段该有的长度不符，但外观正常。

2.第二性征发育缺如：若是由机体产生的雄激素不足所导致的阴茎短小，患者在进入青春期后第二性征不发育，比如喉结突出、长出胡须、身材高大、声音低沉等。

3.性功能异常：阴茎短小可能会对患者的心理和生理方面造成一定的影响，会使患者无法进行正常的性生活，从而使患者出现性功能障碍。

4.全身发育迟缓：若是有下丘脑垂体结构功能异常所造成的阴茎短小，可能会使患者的生长激素分泌异常，从而导致全身性发育迟缓，比如语言身高，精神运动等方面。

5.不育：如果是由染色体异常导致的阴茎短小，可能会对患者的生育功能出现一定的影响。