阴茎短小可能由多种因素造成，包括先天性因素和后天性因素。

先天性因素中，最常见的是遗传因素。如果父母的阴茎相对较小，那么孩子的阴茎也有可能出现类似的情况。此外，在胎儿期受到某些特殊因素的影响，如发育异常、使用某些药物或受到外伤等，也可能导致阴茎发育不良，从而出现阴茎短小的现象。

后天性因素则主要包括疾病和手术影响。例如，患有睾丸炎、睾丸损伤或睾丸发育不全等疾病，可能导致雄性激素分泌异常，进而影响阴茎的正常发育。另外，进行了不适当的阴茎手术或阴茎受到严重的创伤，也可能导致阴茎短小。