1.阴茎长度测量：这是一种直接且常用的检查方法，通过测量阴茎的长度来判断是否存在短小的情况。测量时，医生会用手提阴茎头尽量拉直，使其长度相当于阴茎充分勃起的长度，然后用测量尺测量从耻骨联合前到阴茎头顶端的距离。

2.体格检查：医生会对患者的外生殖器进行详细检查，包括观察阴茎的大小、形状、颜色等，以初步判断阴茎是否短小。同时，医生还会检查患者是否有其他与阴茎短小相关的症状或体征，如身材矮小、肥胖、皮肤色素痣等。

3.实验室检查：这包括一系列血液检查，如性腺激素检查、遗传学检查等。性腺激素检查可以测定血液中各类性激素的水平是否正常，判断是否存在雄激素分泌不足等问题。遗传学检查则有助于发现可能导致阴茎短小的基因异常或染色体问题。

4.影像学检查：如CT或磁共振成像检查，可以明确脑部有无下丘脑和垂体畸形，以及有无肿瘤等疾病。这些影像学检查有助于发现可能导致阴茎短小的器质性病变。