1.先天性发育异常：一些男性在出生时可能由于某些因素导致阴茎发育不良，这可能与胚胎期的发育异常有关。

2.遗传因素：基因在决定个体生理特征方面起着重要作用，包括生殖器官的大小。因此，遗传因素可能是导致阴茎短小的原因之一。

3.心理因素：心理压力和紧张状态可能对身体的生长和发育产生负面影响，但这与阴茎的实际大小关系并不直接，而是通过影响内分泌等方式间接产生影响。

4.疾病或手术影响：某些疾病(如睾丸炎、睾丸损伤等)或手术(如盆腔手术、腹股沟手术等)可能会影响阴茎的大小。这些疾病或手术可能导致阴茎组织受损或激素分泌异常，进而影响阴茎的发育。

5.肥胖：肥胖者的阴茎可能看起来较短小，这是因为耻骨联合部位的脂肪堆积掩盖了部分阴茎所致。实际上，当阴茎勃起时，其实际长度并未减少。