1.阴茎长度测量：通过测量阴茎的牵张长度，即从耻骨联合前到阴茎头顶端的距离，来确定阴茎的长度。对于隐匿性阴茎，需要向阴茎根部推挤开脂肪进行测量。

2.体格检查：包括外生殖器检查，观察有无身材矮小、肥胖、多发皮肤色素痣、鱼鳞病、隐睾、睾丸异位等表现。此外，还会检查生殖器的发育情况、畸形、尿道下裂以及阴囊、附睾、精索的情况，并进行直肠指诊了解前列腺和精囊的状况。

3.实验室检查：包括垂体激素和雄激素检查，用于判断是否存在内分泌异常导致的性器官发育不良。还可能包括精液检查，以评估男性生殖器官的发育情况及生育能力。

4.影像学检查：如下丘脑和垂体的CT或MRI检查，有助于确定是否存在下丘脑和垂体的器质性病变，从而判断这些病变是否与性器官不发育有关。

5.遗传学检查：在特定情况下，如输精管梗阻的患者中，可能需要进行基因检测或染色体检测。