北京治疗阴茎短小的费用因多种因素而异，包括但不限于个人的实际情况、手术难度、手术方式、所选择的医疗机构类型以及地区消费水平等。如果阴茎短小问题比较严重，治疗的难度会相应增加，费用也会更贵。另外，专业正规的大医院相比于普通小医院的价格可能会更高，但这样的医院各方面配套条件较好，手术效果和安全性也更有保障。