男人阴茎短小的病因多种多样，主要包括以下几个方面：

1.遗传因素：阴茎短小有时与家族遗传有关。如果父母的阴茎尺寸较小，那么子女的阴茎尺寸也可能相对较小。这并非后天因素所能改变，但不影响正常的性生活和生育能力。

2.先天性发育异常：部分男性由于先天性发育不良，如阴茎在母体内发育过程中出现异常，可能导致出生时阴茎短小。这种情况可能需要通过医疗手段进行干预和治疗。

3.激素水平异常：雄激素在男性生殖器官的发育中起着关键作用。如果男性体内的雄激素水平较低或存在其他激素分泌异常的情况，可能会影响阴茎的正常发育，导致阴茎短小。此时需要就医检查并进行相应的治疗。

4.疾病或手术影响：某些疾病(如睾丸炎、睾丸损伤等)或手术(如盆腔手术、腹股沟手术等)可能会损伤阴茎组织或影响其正常发育，进而导致阴茎短小。这类情况需要及时治疗原发病，以减轻对阴茎的影响。

5.肥胖：肥胖男性的皮下脂肪较厚，可能使阴茎大部分隐藏在腹部脂肪下，显得阴茎较为短小。实际上，这只是视觉上的效果，并非真正的阴茎短小。通过减肥和改善饮食结构等方法来降低脂肪含量，可以使阴茎显得更加长一些。