阴茎短小可能由多种因素造成，包括先天性因素和后天性因素。

先天性因素中，最常见的是遗传因素。如果父母的阴茎相对较小，那么孩子的阴茎也可能受到影响，这主要是受到基因调控的影响。此外，在胎儿期，如果母亲的健康状况不佳或受到某些不良因素的影响(如使用某些药物、接触有毒有害物质等)，也可能对孩子的正常发育造成影响，包括阴茎的正常发育，导致其出现阴茎短小的现象。

后天性因素则主要包括疾病和手术影响，以及生活习惯等。一些疾病如睾丸炎、睾丸损伤等，可能影响雄性激素的分泌，进而影响阴茎的正常发育，导致阴茎短小。另外，如果进行了某些涉及阴茎的手术，手术操作不当或术后恢复不良也可能导致阴茎短小。除此之外，不良的生活习惯，如长期熬夜、饮食不均衡、缺乏运动等，也可能对身体的生长发育产生不良影响，进而影响到阴茎的大小。